通常情况下，单独改造下水道的费用会受到多种因素的影响，包括但不限于以下几个方面：
1. 工程量：改造下水道的工程量越大，费用通常会越高。这包括需要拆除和重新安装的管道长度、管道直径、连接点数量等。
2. 材料费用：所需的管道材料、连接件、阀门等的质量和价格也会对费用产生影响。高质量的材料可能会更昂贵，但通常具有更好的耐久性和性能。
3. 劳动力成本：施工人员的工资和工时费用也是费用的一部分。如果需要专业的管道工人进行施工，他们的技能和经验水平也可能会影响费用。
4. 地区差异：不同地区的物价水平和劳动力成本可能会有所不同，这也会导致费用的差异。
5. 复杂程度：如果下水道改造涉及到复杂的管道布局、穿越墙壁或其他障碍物，可能需要更多的时间和努力，从而增加费用。

一般来说，二楼和三楼的下水道改造费用可能会有所不同，但具体哪个楼层更贵取决于上述因素的综合影响。如果二楼和三楼的管道布局和工程量相似，那么费用可能相差不大。然而，如果三楼的管道更长、更复杂，或者需要更多的材料和劳动力，那么三楼的费用可能会更高。

为了获得准确的费用估计，建议你联系专业的管道改造公司或承包商，他们可以根据你的具体情况进行现场评估，并提供详细的报价。在选择承包商时，可以比较多个报价，并考虑他们的信誉、经验和口碑。此外，确保与承包商明确工作范围、材料质量、工期和付款方式等细节，以避免后期出现纠纷。

需要注意的是，下水道改造是一项较为复杂的工程，建议在进行改造之前，先咨询专业人士的意见，并确保施工符合当地的建筑规范和安全标准。