热水器主机低于水箱的原因主要有以下几点：

1. 水位传感器损坏：热水器的水位传感器损坏或故障，导致热水器无法检测到水箱中的水位。这种情况下热水器主机就会低于水箱。

2. 进水管堵塞：热水器进水管道中的杂物过多，导致水流无法顺畅进入水箱，使得热水器主机低于水箱。

3. 水箱漏水：水箱底部的密封圈老化或破损，导致水箱漏水。这种情况下，水箱的水位下降，使得热水器主机低于水箱。

4. 热水器主机底部密封不严：热水器主机底部的密封不严，导致热水器主机内的水流向外渗漏，使得热水器主机低于水箱。

5. 热水器主机安装不平稳：热水器主机安装时没有平稳固定在水箱上，或者水箱本身的安装不平稳不够牢固，都会导致热水器主机低于水箱。

总之，热水器主机低于水箱的原因可能是多种多样，需要根据具体情况进行排查和修复。如果无法自行解决问题，建议联系专业的热水器维修人员进行检查和处理。